Le porche est de style néo-roman du XIXe siècle. Sous la voûte qui sépare le sanctuaire de la nef, il y avait un grand Christ soutenu par un ouvrage en fer forgé datant de 1807.
Son chemin de croix datant du 11 juin 1828, était composé de 8 tableaux représentant la Passion du Christ.
Elle abrite un confessionnal datant de 1800 et deux bénitiers en pierre dont l'un renferme les fonds baptismaux.

La grosse cloche
Le baptême de la plus grosse cloche de l'église s'est déroulé le 1er décembre 1957 et donna lieu à une grande fête qui réunit les habitants de la commune autour de l'évêque de Belley, Monseigneur Fourrey. Comme pour chaque baptême, un parrain et une marraine ont été nommés : Monsieur Raymond Bessonnard et Mademoiselle Camille Guillemaud.

Une vierge à l'enfant était conservée jusqu'à une époque récente et sans doute, depuis la Révolution, dans une ferme du hameau de Guelin (aussi la nommait-on, Sainte-Gueline). L'enfant, selon la légende, tirée des apocryphes, tient un oiseau d'argile à qui il donne la vie en soufflant dessus.
Cette statue fait actuellement l'ornement de l'église de Pérouges.

L'incendie du 8 juillet 1977
Les flammes détruisirent complètement la toiture de l'église et endommagea sérieusement ses murs.
La municipalité, aidée par toutes les bonnes volontés du village, rénovèrent l'église qui fut inaugurée par Monseigneur Dupanloup, le 10 décembre 1978.

Naissance de l'église
L'église a été bâtie par deux dames ou demoiselles de famille huguenote habitant un château entre la Bévière et Condamnaz. En effet, après que Louis XIV ait révoqué l'Edit de Nantes, cette famille quitta le château à l'exception de ces deux femmes qui se firent chrétiennes et qui démolirent partiellement leur château afin d'en utiliser les pierres pour construire l'église de Malafretaz.
La révocation de L'Edit de nantes date du 22 octobre 1685. On peut donc supposer que l'église fût bâtie peu de temps après et peut-être même en 1701.
En 1850, le chœur a été démoli pour être reconstruit ainsi que le clocher qui le surplombe. C'est à cette époque qu'on a découvert dans les murs, une pièce de monnaie à l'éfigie du Roi de France (Louis XIV) datée de 1701.

Une église aux multiples visages
L'église, telle que vous la connaissez n'a pas toujours eu cette apparence. Avant la Révolution, son clocher était une tour carrée qui abritait deux cloches entretenues par les messieurs de Gygni en Comté, qui étaient rémunérés par une partie de la dîme.
En 1794, le clocher fût démoli, les cloches enlevées et conduites à Pont-de-vaux à la fonderie, pour en faire des canons de guerre.

Une illustre occupante
Une pierre sépulturale qui date du XIVe siècle a été découverte dans l'église lors d'une démolition-reconstruction. Cette pierre indique "Elisée de Châtillon décédée le (...) février". Cette personne est l'épouse de Galois de Labeaume, seigneur du Château de Montrevel à qui, le Comte de Savoie donna juridiction sur le village de Malafretaz en 1334. Il semblerait donc que cette illustre personne fût exhumée à Malafretaz.